Этот php-код будет включен всегда, на стороне сервера (независимо от браузера).
Насколько я знаю, условные комментарии работают на стороне клиента, и браузер не должен их уважать (я не помню деталей, но где-то читал, что браузер может делать с комментариями HTML все, что хочет, даже вырезать их) полностью, чтобы люди, которые помещают JavaScript, могли быть удивлены).
Если вы хотите решить, включать ли файл или нет, воспользуйтесь определением браузера: $ _SERVER ['HTTP_USER_AGENT'] или get_browser () будет хорошим началом для начала.