Вы можете сделать что-то вроде этого:
В Project_A создайте новый подкаталог Project_A и вставьте в него все, чтобы Project_A теперь выглядел как
Project_A/
Project_A/files...
Затем в Project_B:
git remote add project_A Project_A
git fetch project_A
git branch project_A project_A/master
git checkout -b merge_trial master
git merge project_A
... и исправьте при необходимости на merge_trial (или вспеньте, промойте, повторяйте, пока не получите то, что хотите в отношении конфликтов / перекрытий).
На самом деле я сделал нечто подобное в рамках миграции svn-> git.