Нет, файлы конфигурации содержат только настройки сборки, а не какие-либо другие черты проектов или целей. Необходимо настроить правила сборки вручную для каждой отдельной цели.
Возможно, вы захотите использовать параметр сборки GCC_VERSION для определения компилятора, а не правила сборки.