1) Перекомпиляция является опцией, это позволит вам использовать оба из них без проблем сборки.
2) Другим вариантом будет перенаправление привязки сборки, при любых вызовах более ранней версии NHibernate вы можете принудительно перейти к имеющейся версии.Вы можете сделать это с помощью app.conifg / web.conifg
(вы можете узнать больше об этом здесь )
<configuration>
<runtime>
<assemblyBinding xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1">
<dependentAssembly>
<assemblyIdentity name="NHibernate" publicKeyToken="aa95f207798dfdb4"/>
<bindingRedirect oldVersion="2.1.0.4000" newVersion="2.1.2.4000"/>
</dependentAssembly>
</assemblyBinding>
</runtime>
</configuration>