Я получил второй (неблагодарный) файл AndroidManifest.xml, включив пакет Android.R вместо com.example.mypackage.R.
Симптомы: сборка вроде бы работала, но запуск показал существующую ошибку в рабочей области, которую нужно было сначала исправить.
Один AndroidManifest.xml был найден в классах, другой - в файле resources.ap_.
Я просто быстро исправил (включая android.R) рабочее пространство в ад.
edit: тоже не работает, рабочее пространство все еще в аду; проблемы в проектах, которые любили исправлять ...
edit1: не может найти пакет, с должен содержать AndroidManifest.xml.
edit2: я полагаю, что второй файл манифеста в Android.jar - похоже, что каждый файл манифеста приводит к сгенерированному 1 R.class. Я стер полную рабочую область. Потому что это была детская площадка. (Затем я настроил Git.)