Насколько я знаю, Zend Framework имеет преимущество, поскольку его можно использовать в качестве библиотеки.
Вы можете работать итеративно, добавляя, например, только слой Zend_Db, затем постепенно добавляя другие слои (Auth, MVC и т. Д.).
Смысл в том, чтобы иметь возможность тестировать и проверять простые функциональные возможности, а не менять все сразу и бороться с многочисленными ошибками.