Я считаю, что вам нужно использовать TableDefs или DDL. Запрос DDL будет выполняться после запроса maketable, например:
ALTER TABLE NewTable ADD COLUMN AutoField COUNTER
РЕДАКТИРОВАТЬ Дополнительное примечание
Если вы хотите сделать новый столбец первичным ключом, вы можете запустить что-то вроде:
ALTER TABLE NewTable ADD PRIMARY KEY (AutoField)