Наиболее важным является создание чистого Java API - независимого от REST, RMI или любого другого протокола, который вы хотите использовать. Из чистого Java API вы можете поддерживать любой метод доступа.
Если у вас нет варианта использования этих других методов доступа, не создавайте их сейчас. Вы можете построить его, когда вам это нужно.
Самый простой интерфейс, который можно добавить изначально, - это веб-интерфейс, в котором ваше веб-приложение работает в той же JVM, что и ваш основной API. Я бы сделал это, если это работает для вашего случая использования. Создание отдельного консольного приложения, которое обращается к вашему базовому API через протокол REST (или любой другой), требует гораздо больше усилий.