Вы пробовали с Environment.NewLine?
<%= Html.Encode(string.Join(Environment.NewLine, item.company1.companies.Select(x => x.company_name).ToArray())) %>
или "\ r \ n"
<%= Html.Encode(string.Join("\r\n", item.company1.companies.Select(x => x.company_name).ToArray())) %>
РЕДАКТИРОВАТЬ ДОБАВИТЬ
Если компании разделены пробелом, попробуйте объединить массив пробелом
<%= Html.Encode(string.Join(" ", item.company1.companies.Select(x => x.company_name).ToArray())) %>
РЕДАКТИРОВАТЬ ДОБАВИТЬ 2
Присоединение через разрыв строки html
<%= Html.Encode(string.Join("<br/>", item.company1.companies.Select(x => x.company_name).ToArray())) %>