В целях безопасности вы все равно хотите обслуживать файлы с другого субдомена. Это проще, если выделить один сервер для этих файлов, если трафик для этих файлов оправдывает это, но это также создает единую точку отказа и узкое место, которого вы, вероятно, хотите избежать.
Все веб-серверы могут обслуживать файлы с центрального файлового сервера или локальных кэшированных копий. Это во многом зависит от того, изменятся ли когда-либо файлы.