Это очень просто:
var item = TreeView.ItemContainerGenerator.ContainerFromIndex(...);
var header = ((TreeViewItem)item).Header;
Однако это может не быть хорошей идеей: как правило, любой код, который требует доступа к самому элементу управления заголовком (в отличие от модели), написан плохо и должен быть переписан для использования привязки данных.