Лично, если у вас есть общий набор классов, на которые ссылаются несколько сборок / приложений, я бы скомпилировал их в файл .dll, а затем добавил их как ссылку, а не дублировал исходный код в папке app_code.
На мой взгляд, это лучший пример для создания библиотеки классов, это действительно то, для чего они были разработаны!