Просто прочитайте только первую строку, проигнорируйте остаток и закройте поток. Умный FTP-клиент не буферизует поток весь в памяти, прежде чем предоставить что-либо для чтения.
Предполагается, что вы используете Apache Commons Net FTPClient :
BufferedReader reader = null;
String firstLine = null;
try {
InputStream stream = ftpClient.retrieveFileStream(ftpFile.getName());
reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(stream, "UTF-8"));
firstLine = reader.readLine();
} finally {
if (reader != null) try { reader.close(); } catch (IOException logOrIgnore) {}
}
doYourThingWith(firstLine);