CruiseControl.NET просто запускает другие инструменты для выполнения сборки, и он может со временем меняться (версия, инструменты, фреймворк ..).
Итак, ИМХО, вы должны быть очень осторожны, как упоминал Джон У.
По нашему опыту, лучше отделить его хотя бы на виртуальной машине.