MSBuild великолепен. По концепции он похож на NAnt, но несколько отличается от некоторых задач или реализаций.
Как только вы привыкнете к этому, вы будете запускать файлы сборки. Взгляните на файл csproj - это файл MSBuild (обратите внимание, что файл решения .sln очень похож на файл MSBuild, но технически это не файл MSBuild (пока)) *. Создание пользовательских задач для него очень просто, на веб-сайте есть множество руководств, которые помогут вам понять, как это сделать.
Если вы ищете альтернативы, то я бы пошел в NAnt. Это бесплатно и имеет огромное количество поддержки сообщества и дополнительные задачи доступны. Я не использовал его в течение нескольких лет, поэтому я не могу прокомментировать его точное состояние на данный момент.
Нет реальных недостатков в использовании MSBuild, если только вы не подсчитаете, сколько времени потребуется, чтобы освоиться с ним, и количество времени, которое вы должны потратить на его изучение.
Из ваших вопросов звучит так, будто у вас на самом деле нет большого процесса сборки - найдите время, чтобы сделать это, как только вы его получите, вы удивитесь, почему вы не сделали этого раньше.
* Отредактировано в ответ на комментарий Саида Ибрагима Хашими