Я не уверен, что вы подразумеваете под взаимная аутентификация . Все сеансы SSH включают проверку подлинности сервера и клиента, и наоборот. Я знаю, что Commons-VFS использует JSCH для базового уровня SSH, и вы можете использовать аутентификацию password и publickey с JSCH (и, следовательно, с Commons-VFS). Кроме того, JSCH поддерживает GSS-API для аутентификации, предположительно, для поддержки дополнительных механизмов аутентификации, которые не поддерживаются напрямую, но я не вижу никакого способа использовать это через VFS, и при этом я не вижу никакой прямой поддержки в JSCH или Commons VFS. для аутентификации на основе сертификатов . Этот класс имеет все специфичные для SFTP опции, которые вы можете установить у провайдера файловой системы в Commons VFS, а на этой странице содержит всю информацию об JSCH, что даст вам больше гибкости в настройке Опции SFTP, но меньшая однородность в вашем коде, если вы используете и другие типы файловых систем VFS.
Если ничего из этого не удовлетворяет, вы можете подождать, пока Java 7 будет иметь подключаемых провайдеров файловой системы, и я уверен, что кто-то напишет хорошего SFTP-провайдера вскоре после этого.