У вас есть плагин App Engine Eclipse, верно?
Сначала вам нужно установить идентификатор приложения в appengine-web.xml, а затем нажать кнопку развертывания (или из контекстного меню: Google> Развернутьв App Engine).Будет запрошен идентификатор вашей учетной записи и пароль.
Все происходит прямо в Eclipse.