Встроенное окно вывода MonoDevelop не поддерживает ввод. Вы должны зайти в настройки проекта и включить «Использовать внешнюю консоль». Однако было известно, что внешняя консоль была повреждена в OS X в MD 2.2, поэтому вам нужно обновить ее до MD 2.4 b2.