В файле Tomcat server.xml элемент Connector также имеет атрибут connectionTimeout в миллисекундах.
пример:
<Connector URIEncoding="UTF-8" acceptCount="100" connectionTimeout="20000" disableUploadTimeout="true" enableLookups="false" maxHttpHeaderSize="8192" maxSpareThreads="75" maxThreads="150" minSpareThreads="25" port="7777" redirectPort="8443"/>