Вы действительно не хотите «скрывать» окно консоли. Вам нужно настроить компилятор для генерации «приложения Windows» вместо «консольного приложения». Это скажет Windows никогда не создавать консоль для вашего приложения. Вам нужно будет обратиться к документации вашего компилятора, чтобы выяснить, как это сделать. Для Visual Studio это шаг к одному из мастеров.
На самом деле нет хорошего способа управления консолью внутри консольного приложения. Консоль спроектирована так, что приложение ничего не знает об этом. Хотя это возможно, как вы сказали, это не очень портативный или чистый.
Правильный подход, если вам нужен детальный контроль над «консолью», - это реализовать собственное окно, которое предоставляет область вывода текста, где вы можете печатать вещи. Тогда вы можете делать практически все что угодно с вашей «консолью», потому что это не консоль, а просто другое окно, которым владеет и управляет ваше приложение.