Я полагаю, что ваши наблюдения ограничены Windows, поскольку, как я полагаю, это единственная платформа, на которой вы столкнетесь с проблемой "флеш-консоли". Если это так, то docs предлагает следующий полуполезный абзац:
Информация о запуске и создание флагов, если
дано, будет передано
базовая функция CreateProcess ().
Они могут указывать такие вещи, как
внешний вид главного окна и
приоритет для нового процесса. (Windows
только)
К сожалению, онлайновые документы Python не воспроизводят соответствующую часть документов Windows API, поэтому их необходимо найти в другом месте, например, начиная с здесь на MSDN, что приводит вас здесь для creationflags и, в частности, к
CREATE_NO_WINDOW
0x08000000
Процесс представляет собой консольное приложение
который запускается без консоли
окно. Следовательно, ручка консоли
для приложения не установлено.
Таким образом, добавление creationflags=0x08000000 к вашему вызову Popen должно помочь (к сожалению, у меня нет машины под управлением Windows, на которой можно попробовать это, поэтому вам придется попробовать это самостоятельно).