Ну, это зависит от наборов данных. Исходя из моего опыта, если у вас есть небольшой набор данных, тогда выберите NOT IN, если он большой, перейдите к левому соединению. Предложение NOT IN в больших наборах данных выглядит очень медленно.
Еще одна вещь, которую я могу добавить, это то, что планы объяснения могут вводить в заблуждение. Я видел несколько запросов, где объяснение было очень высоким, и запрос выполнялся под 1 с. С другой стороны, я видел запросы с отличным планом объяснения, и они могли работать часами.
Так что, в общем, проверьте свои данные и убедитесь сами.