У вас есть два варианта:
Используйте файл .coveragerc, чтобы предоставить параметры для cover.py
Вместо запуска покрытия внутри носа, запустите нос внутри покрытия:
coverage run c:\python25\scripts\nosetests-script.py
(простите за синтаксис Windows, если вы не используете Windows)