В вашей процедуре обратного вызова enum вы можете вызвать GetClassName и найти hWND верхнего уровня с подходящим именем класса для Explorer (я думаю, ExploreWClass - можно найти с помощью Spy ++).
Я думаю, вы хотите, чтобы EnumWindows перечислял окна верхнего уровня, а не EnumChildWindows.