Сгенерированный вами HTML работал нормально после публикации на удаленном веб-сервере, разрешение которого запрашивает IE, скорее всего, оно относится только к локально размещенным файлам. Попробуйте опубликовать на каком-либо веб-сайте, и он должен работать нормально для вас.
Так что это будет означать публикацию всего проекта GWT, потому что тестовая среда, если локальная, может быть причиной проблемы.