Я думаю, что проект установки Visual Studio использует номер версии для генерации кода продукта, поэтому вы должны обновить оба. Код продукта - это уникальный GUID, который идентифицирует установленное приложение. Рекомендуется обновлять оба приложения каждый раз, когда вы выпускаете установщик. В противном случае клиент получит сообщение с сообщением типа «Другая версия этого приложения уже установлена, сначала удалите эту версию ...» и т. Д., И MSI не установит новую версию.
Таким образом, чтобы удалить предыдущую версию перед установкой новой версии, необходимо установить для свойства RemovePreviousVersions значение True и обновить номер версии и код продукта.
Вы можете автоматизировать номер версии и часть кода продукта, выполнив сценарий в PreBuildEvent проекта установки. Вы можете найти интересную статью и пример скрипта на CodeProject http://www.codeproject.com/KB/install/NewSetupVersion.aspx