Помимо использования сторонних веб-сервисов (я не думаю, что есть бесплатные), для этого не существует чистого решения PHP. Если у вас есть веб-пространство / веб-сервер с доступом к командной строке, попробуйте ffmpeg.
Вы можете вызвать ffmpeg, используя exec(), но есть и классы-обертки для PHP, например, здесь . Существует также расширение PHP , предоставляющее интерфейс для ffmpeg, но оно должно быть установлено на сервере.
Одна из причин использования формата flv на данный момент заключается в том, что (насколько мне известно) это единственный формат видео, поддерживаемый проигрывателями Flash до версии 10, некоторые из которых все еще существуют, когда пользователи этого не делают обновлять часто. Плеер 10.x поддерживает лучший формат H.264.