Я предполагаю, что вы имеете в виду скрытие хрома окна, а не скрытие самого окна?
Если вы создаете свое приложение с помощью Air, то вы можете создать окно без хрома (см. Раздел «Окно chrome») и управлять начальным позиционированием:
http://livedocs.adobe.com/flex/3/html/help.html?content=WorkingWithWindows_2.html
Единственным ограничением этого метода является то, что на компьютере должна быть установлена среда выполнения Air, и приложение также должно быть установлено, прежде чем его можно будет использовать (что означает, что пользователь, устанавливающий программу, должен иметь права администратора).
Я ожидаю, что будет довольно легко обернуть поведение управления окнами Air вокруг вашего существующего приложения.
Если вы не можете преобразовать приложение в Air, единственное, о чем я могу подумать, это использовать что-то вроде ScreenweaverHX (http://haxe.org/com/libs/swhx и http://screenweaver.org/doku.php) - что-то вроде открытого исходный, кроссплатформенный проект, который дает вам функциональность, подобную Air. Он нарушает ваше правило «никаких сторонних разработчиков», но это только два варианта, о которых я могу подумать.