Я не пробовал, но не могли бы вы сделать так, чтобы приложение WPF заменяло ваше приложение WinForms? Если вы публикуете в той же папке, скопируйте нужные GUID из старого проекта в новый, он может просто установить без проблем.
Это не удалит старые версии, но каждое обновление приложения ClickOnce оставляет старые версии на месте.
В качестве альтернативы, вы можете превратить ваш существующий проект WinForms в проект WPF? Это просто другой набор ссылок на сборки? Я никогда не писал приложение для WPF, так что извините, если это явно не так.