Если у вас установлен флажок ID, вы сможете ссылаться на него независимо от того, какие объекты контейнера это.
<mx:CheckBox id=myCheckbox ... />
На
можно ссылаться в любом скрипте в этом файле, например:
private function toggleCheckBoxEnabled():void{
if(some condition){
myCheckBox.enabled = true;
}else{
myCheckBox.enabled = false;
}
}