Легко, если нет дубликатов файлов. Затем просто разархивируйте их друг на друга и верните обратно в новый файл WAR.
Если есть дубликаты, вам необходимо определить, какая информация поступает в результирующий файл. Для объединения файлов web.xml проще всего использовать инструмент преобразования с поддержкой XML. Типичный выбор - XSLT, и в Java 1.4 и новее доступен механизм XSLT.
Вопрос, однако, заключается в том, может ли это быть полностью автоматизировано или вам нужно, чтобы авторы одного из файлов WAR знали о другом (пишите фрагменты и т. Д.). Пожалуйста, предоставьте более подробную информацию.