Если вы собираетесь обновиться, я бы рекомендовал сначала выполнить несколько тестов с Java 6 + существующие кодовые базы. Если это работает, перейдите к Tomcat 6.
Возможно, также обновите некоторые библиотеки Axis, пока вы в нем, или оставьте все как есть, если он все еще работает.
По моему опыту, вы можете столкнуться с проблемами при переходе на Java 5 (и, следовательно, 6), особенно с XML. В моей памяти что-то вроде столкновения имен классов между Java 5 и старой версией Xerces, но я могу ошибаться.