Возможно, это не то, что вы ищете, но у меня это работает просто отлично:
Создайте свою логику задания CRON как «обычную» функцию контроллера.
Затем в вашем стандартном файле Cronjob без CI, просто загрузите URL через
file_get_contents('http:example.com/cronjob/');
Это будет относиться к URL как к любому другому пользователю, и вся структура CI будет в вашем распоряжении.