Есть множество пакетов для этого.
Если вы привыкли к graphviz , то вам может понравиться Grappa , которая является своего рода библиотекой graphviz для java (хотя и не такой полной, как оригинал).
jung также достаточно хорош, предоставляя различные механизмы компоновки.
Еще один интересный инструмент для создания хороших визуализаций и анимации графиков - prefuse . Он очень гибкий и может привести к очень хорошо выглядящим визуализациям со сложными компоновками.
Все они являются библиотеками Java и с открытым исходным кодом.