Насколько я знаю, java.util.Properties использует DOM для анализа файлов свойств XML, а DOM поддерживает XInclude. Но по умолчанию он отключен. Может быть, вы можете указать системное свойство, чтобы включить его (но я не знаю).
Другая возможность - попробовать включить DTD:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE properties [
<!ENTITY include1 SYSTEM "./include1.xml">
<!ENTITY include2 SYSTEM "http://foobar.com/include2.xml">
]>
<properties>
<entry key="foo">bar</entry>
<entry key="fu">baz</entry>
&include1;
&include2;
</properties>
Это должно работать.