H2 хранится в файловой системе, но было бы лучше использовать инструменты резервного копирования, на которые вы ссылаетесь, потому что формат файла может меняться между версиями H2. Если вы обновите H2, он больше не сможет читать файлы, созданные в предыдущей версии. Кроме того, если вы копируете файлы, которые он использует, я бы рекомендовал сначала закрыть базу данных, иначе скопированные файлы могут быть нечитаемыми H2.
Расположение файла зависит от указанного вами URL-адреса jdbc. Смотрите FAQ:
http://www.h2database.com/html/faq.html