Для начала вы можете сделать вручную, что пакет lastpage делает для основного вопроса. Проще всего поставить
\label{lastoffront}
где-то, что вы можете гарантировать на последней странице первой страницы, как перед \clearpage, которое вы используете до \mainmatter. Затем просто замените команду номера страницы в начале статьи на
\thepage~of~\protect\pageref{lastoffront}
как внутри команды \fancyfoot (я полагаю, вы также используете fancyhdr). Вам также нужно будет установить стиль нумерации страниц в начале основного вопроса; работает та же настройка, за исключением того, что используется LastPage метка, предоставленная пакетом lastpage вместо lastoffront.
(Это не совсем то, как lastpage обрабатывает вещи, так как последняя страница документа не всегда правильно определяется этим методом, но я понимаю, что этого достаточно для начала.)