В руководящих указаниях по пользовательскому интерфейсу Android указано, что предпочтительнее и рекомендуется использовать PreferenceActivity для обработки всех настроек ваших приложений.
Прелесть использования PreferenceActivity заключается в том, что он автоматически сохраняет значения в ваших приложениях SharedPreferences.
Еще один момент, на который следует обратить внимание: если все другие приложения используют PA, то они приходят к вам и должны обрабатывать настройки по-другому, тогда это усложняет их работу и может заставить их искать другое приложение в другом месте.
Надеюсь, это поможет, удачи в этом