Нет способа получить экземпляр коробочного контейнера так, как вы написали код.
Решение 1.
Вы можете объявить переменную и создать новый экземпляр Boxy, а затем ссылаться на эту переменную там, где вам нужно
var boxyinstance=new Boxy.load(url,{title:"mywindow",show:true});
Теперь вы можете получить к нему доступ в любом месте.
раствор 2
если вы хотите закрыть свой ящик, вы можете использовать $('.close').click()
это вызовет событие click на кнопке закрытия, и ваш ящик будет закрыт.
надеюсь, у вас есть решение;