Поскольку .exe что-то значит для ОС - Windows не нужно регистрировать другой исполняемый тип для запуска. Файлы .EXE «просто работают» из меню «Выполнить», командной строки и оболочки.
Но, возможно, что еще важнее, потому что люди привыкли ожидать поведение файла .exe. Я имею в виду, что вы использовали .EXE файлы в качестве основного формата исполняемых файлов в системах MS в течение большей части 30 лет. Если бы они компилировали исполняемые приложения .net, скажем, с расширением «.CLR», не все знали бы, что с ним делать, и это могло бы замедлить принятие .Net, особенно в первые дни ...