Вы можете вызвать инструмент командной строки mysql:
mysql -u username -p password < statements.txt
или
echo "your statement here" | mysql -u username -p password
в заявлении.txt положить:
delete from `table` limit 1000;
хотя я не понимаю, почему вы хотите удалить только 1К одновременно
полный скрипт для sh
будет выглядеть так:
#!/bin/sh
echo 'DELETE FROM `table` LIMIT 1000;' | mysql -u username -p password