Я боролся с этой проблемой сегодня, и она также применима к другим приложениям, таким как jEdit (еще предстоит проверить).
У меня было затмение, прекрасно работающее само по себе, ADT, FlashBuilder 4.7, но не во FlashBuilder 4.6.
Действительно, добавив NSHighResolutionCapable, в комментарии № 5 это исправили.
Выход из системы, даже перезагрузка, ничего не изменили.
Но копирование, удаление оригинала и переименование приложения сделали свое дело.