Если файл установлен как встроенный ресурс, насколько я знаю, он должен быть встроен непосредственно в EXE-файл.
В любом случае, вы можете добавить действие после сборки, которое просто скопирует файл в выходную папку, если это так, как нужно: щелкните правой кнопкой мыши проект в обозревателе решений и выберите Свойства, затем на вкладке События сборки вы можете указать, какие файлы вы хотите скопировать куда.