Трудно быть окончательным об этом, не пройдя последнюю версию каждого плагина IDE для Clojure, но как человек, который не отставал от Leiningen и от общих разработок, связанных с IDE, я нигде не видел эту функциональность. Слова IDE, eclipse и netbeans также не упоминались в группе Google Leiningen, и я предположил бы, что если бы кто-то работал над этим, он упомянул бы это там.
Leiningen действительно легко использовать в командной строке, так что не бойтесь попробовать. Я конвертировал свои проекты в lein, используя ранее ant и maven. Отслеживание зависимостей действительно удобно, и каждую неделю появляются новые плагины, добавляющие новые полезные команды. Если вам действительно нужна интеграция с IDE, одним из простых способов может быть добавление какой-либо пользовательской команды или кнопки, которая просто запускает lein в фоновом режиме.