Звучит так, будто вы хотите создать другой стиль Generic.xaml (тема) для элемента управления, но это не то, что предназначено для встроенных элементов управления. Вы можете сделать что-то вроде создания альтернативной сборки темы с вашими стилями, которую вы можете обмануть в загрузке WPF (то есть PresentationFramework.Aero.dll) или элементы управления подклассами, на которые вы хотите заменить шаблоны. Прежде чем идти по этому пути, вы должны оценить, стоит ли это времени. Все, что вы можете получить на работе, увеличит сложность и потребует много дополнительной работы только для того, чтобы изменить локальные декларации стиля по умолчанию с
<Style TargetType="{x:Type Button}" BasedOn="{StaticResource {x:Type Button}}">
до
<Style TargetType="{x:Type Button}">
Что касается игнорирования тем, вы не можете многое контролировать, поскольку процесс автоматического выбора. Стандартный способ сделать это - скопировать стиль по умолчанию из определенной темы в ваш App.xaml в качестве стиля приложения по умолчанию и изменить его при необходимости, но это, очевидно, создает ситуацию, от которой вы пытаетесь уйти.