Для плагина Violations требуется вывод в формате XML из различных поддерживаемых им шашек.
Я не знаком с pyflakes, но из моего краткого сканирования он не поддерживает xml как тип вывода. Поэтому вам придется постобработать вывод pyflakes, прежде чем Violations попытается его проанализировать (или вы можете изменить pyflakes и написать свой собственный класс вывода Message). Возможно, вы захотите захватить вывод pylint и использовать его, чтобы выяснить подходящий формат xml, который нравится плагину Violations.