Справочная страница API TooManyClauses показывает, что PrefixQuery, FuzzyQuery, WildcardQuery и RangeQuery расширены таким образом (в BooleanQuery). Поскольку он есть в справочнике по API, это должно быть поведение, на которое могут положиться пользователи. Lucene не устанавливает произвольных ограничений на количество обращений (кроме идентификатора документа, являющегося целым числом), поэтому исключение «слишком много обращений» может не иметь смысла. Возможно, PrefixQuery.rewrite (IndexReader) должен перехватить TooManyClauses и выдать исключение «слишком много префиксов», но сейчас это не так.
Кстати, другой способ поиска по префиксу - использовать PrefixFilter. Либо отфильтруйте запрос, либо оберните фильтр с помощью ConstantScoreQuery.