Та же проблема здесь, НО обычно Makefiles учитывает переменные среды для опций компилятора или компоновщика.
Итак, если вы поместите параметр -fPIC
перед вызовом скрипта configure, он должен позаботиться об этом. Вы можете сделать это с:
CFLAGS=-fPIC ./config shared --prefix=/your/path
или
export CFLAGS=-fPIC
./config shared --prefix=/your/path
Это сработало для меня.