Другие ответы верны в том смысле, что вы можете дополнительно уточнить запрос с помощью оператора 'where'. Тем не менее, я предполагаю, что ваш запрос является запросом Linq2Sql. Поэтому вам необходимо убедиться, что у вас есть данные в памяти перед дальнейшей фильтрацией с помощью пользовательской функции:
var items = MyDataContext.Items.Where(x => x.Container.ID == myContainerId)
.ToList(); // fetch the data in memory
var itemsToRemove = items.Where(IsNotWhatINeed);
Если вы действительно хотите расширить IQueryable, то функция IsNotWhatINeed должна быть преобразована в нечто, понятное Linq2Sql.