Используйте цикл, не вызывайте функцию, есть хороший плагин для Jquery:
Ссылка для скачивания
<script type= "text/javascript" src="jquery.timers-1.1.2.js" ></script>
$("#window").everyTime(10, function(){
$("#window")
.animate({ backgroundColor: "orange" }, 11000)
.animate({ backgroundColor: "violet" }, 1000)
.animate({ backgroundColor: "red" }, 1000, 'swing');
};
});
Это будет повторять фоновую анимацию ...